Fue hija de Juan Francisco Cristóbal Fernández de Híjar y Fernández de Heredia y de Francisca de Castro- Pinós y Fenollet y Zurita, su segunda mujer. Hermana de padre de Martín Mendoza de la Cerda, olim Fernández de Híjar (fallecido entre 1603 y 1605), y Jerónima (muerta en 1611), y de padre y madre, de Estefanía (fallecida en 1620), a quien sucedió.

Isabel Margarita casó en Zaragoza, en la parroquia de Santiago el Mayor, el 3 de octubre de 1622, con Rodrigo Sarmiento de Silva Mendoza y Villandrando de la Cerda (Madrid, 1600 - León, 1664), VIII conde de Salinas, IX de Ribadeo, de Villarrubia de los Ojos, Alenquer y de otros títulos; fue el oficiante Pedro González de Mendoza, arzobispo de dicha ciudad y tío carnal del contrayente. Rodrigo Sarmiento era hijo de Diego de Silva Mendoza (Madrid, diciembre de 1564 – Madrid, 15 de junio de 1630), III duque de Francavilla, I marqués de Alenquer, y de Mariana Sarmiento Villandrando de la Cerda (fallecida en 1600), su tercera mujer, condesa de Salinas y Ribadeo. Fue poco querido en sus estados de Aragón, principalmente por el “[...] afecto particular de vivir en Castilla y conservar en ella su casa y la de sus hijos y por eso vino con la Duquesa, su muger [...], luego que se casó [...] y siguiendo este dictamen, no ha querido casar sus hijos en Aragón [...]”, utilizando como vivienda principal el palacio de Buenavista en Madrid, que había adquirido en 1609 el mencionado Diego de Silva a Felipe III por valor de 67.890.888 maravedís; no obstante, y por derecho de consorte, se hizo titular del ducado. Pero, pese a esto y a todos los títulos que recibió de su mujer, nunca obtuvo el de la residencia aragonesa. [...]