Hijo ilegítimo de Blanca, hija del rey de Portugal Alfonso III, que fue abadesa de Las Huelgas, y del caballero Per Estevánez Carpenteiro. Ingresó muy pronto en la Orden Militar de Calatrava. Llegó a ser clavero en el turbulento maestrazgo de Garci López de Padilla, durante el que hubo enfrentamientos entre los freires, cismas, y el maestre fue depuesto en diversas ocasiones, teniendo que intervenir el Papa. Siendo el maestre Garci López ya anciano, Juan Núñez de Prado, que le había sido leal durante mucho tiempo, entró en conspiraciones e intrigas, que produjeron enfrentamientos armados entre las facciones de ambos en Miguel Turra y Ciudad Real. El contencioso derivó en cisma, cuando el capítulo de caballeros fieles a Núñez de Prado, convocados por el joven rey Alfonso XI en Valladolid, le eligió nuevo maestre en 1322. Garci López Padilla se retiró a la fortaleza de Alcañiz, dominando las encomiendas aragonesas, hasta que renunció al maestrazgo en 1329. Pese a ello, los problemas con las encomiendas aragonesas continuaron, convocándose capítulos apoyados por el monarca de aquel reino, en los que se eligieron, en dos ocasiones, maestres alternativos a Juan Núñez de Prado, siendo independientes del poder central de la Orden. Esta situación terminó con los acuerdos pactados entre Juan Núñez de Prado y el rey de Aragón, por los que las encomiendas aragonesas volvieron a la obediencia del maestre. A petición del rey de Castilla y de la Orden de Alcántara, intervino en la elección de dos maestres de Alcántara: Gonzalo Martínez de Oviedo, despensero del Rey, y Pedro Alonso Pantoja, efectuado en el real de Algeciras. [...]