Era hijo del caballero portugués Fernando García de Trujillo y de su mujer Sancha Rodríguez. Pudo nacer en Mérida, donde habían contraído matrimonio sus padres, pero no se sabe cuándo. En el momento de su elección como vigesimoprimer maestre de la Orden de Santiago era comendador mayor de Castilla en Segura. Esa elección se produjo en 1317, a raíz de la muerte del anterior maestre, Diego Muñiz, que había tenido lugar en los primeros días de abril de aquel año. Lo cierto es que el nuevo maestre, que como él mismo se encargaría de dejar constancia, no sabía escribir, accedió a su elevada dignidad a una edad ya madura.

Quizá esta circunstancia, unida al clima de incertidumbre institucional en que vivía la Orden desde por lo menos la renuncia del maestre Juan Osórez casi veinte años atrás, llevó a su nuevo responsable a seguir los pasos del autoritarismo de su predecesor, Diego Muñiz, y a instalarse en un gobierno imprudente mente personalista, preocupado por el engrandecimiento de la mesa maestral y poco o nada respetuoso con las instancias capitulares de la milicia y la sensibilidad oligárquica de sus comendadores. En efecto, sin contar con el capítulo ni con su teórica representación de los Trece, empezó en 1319 por remover de su cargo nada más y nada menos que al comendador mayor de León, Lope Alfonso de Saavedra, aunque la intervención de la Sede Apostólica obligaría a restituirle en su dignidad un año después. Tampoco el sector clerical de la Orden podía estar muy satisfecho con el nuevo maestre; también desde comienzo de su gobierno —1320-1321— llovieron ante la Sede Apostólica denuncias del prior y convento prioral de Uclés contra destacados caballeros de la orden que no sólo no pagaban los diezmos debidos, sino que rapiñaban sus propiedades e intimidaban a sus personas; es cierto que, entre los denunciados —el propio comendador de Uclés, el del Hospital de Toledo, el comendador mayor del castillo de Segura y el tenente de la encomienda de Paracuellos— no figuraba el maestre, pero tampoco nada indica que llegara a intervenir a favor de los clérigos de la Orden. Eso no significaba que el maestre mantuviera hacia sus freires caballeros una actitud complaciente, sino, en todo caso, se trataría de un ejemplo de negligencia culposa, porque, de otro modo, no se entendería que muy poco después, en noviembre de 1322, fuera el propio García Fernández quien denunciara y solicitara castigo contra los comendadores y freires de su Orden que se hubieran negado a contribuir a las procuraciones devengadas por la legación pontificia que frey Guillermo, obispo de Sabina, había llevado a cabo un año antes en territorio peninsular. No parece, ciertamente, que las relaciones del maestre con sus freires discurrieran por las sendas del armonioso entendimiento. [...]