Pertenecía a una de las más destacadas familias del Reino de Castilla, de origen portugués, que se asentó en Toro, a raíz del exilio en dicha ciudad de la reina doña Beatriz. Era hijo de Fernando de Fonseca y Ulloa, señor de Coca y Alaejos, y de su segunda mujer Teresa de Ayala. Además, era sobrino de Alonso de Fonseca, arzobispo de Sevilla, y hermano de Alonso de Fonseca, heredero del título paterno, y de Antonio Fonseca, contador mayor.

El partido que su familia había tomado por la princesa Isabel, le llevó pronto a la Corte, en calidad de paje. Allí, la Reina Católica encomendó su formación moral a fray Hernando de Talavera, quien le tomó gran afición. Elio Antonio de Nebrija fue su preceptor intelectual, a instancias de su tío, el arzobispo de Sevilla, y luego su profesor en Salamanca. En esta Universidad obtuvo la licenciatura en Artes. [...]