Los datos biográficos de Álvaro de Acuña son poco precisos. Todo parece indicar que nació en el año de 1535 en España o en Portugal. En fecha desconocida casó con Catalina de Acuña, de quien tampoco se conocen mayores datos. Tuvo dos hijos: el alférez Juan de Acuña e Isabel de Acuña. Su llegada a América se produjo entre 1558 o 1560 en Perú donde participó en la desastrosa expedición de Pedro de Ursúa en el descubrimiento del codiciado El Dorado, lugar imaginario que se creía inmensamente rico y situado en el Centro de América. Hacia 1560 se encuentra en Panamá y llega a Costa Rica en el año 1564, en tiempo del gobernador Juan Vásquez de Coronado, en momentos en que realizaba su viaje a España.

Al partir hacia España Vásquez de Coronado dejó encargado del gobierno de la colonia a Miguel Sánchez de Guido, en la recién fundada ciudad de Cartago. [...]