Hijo de Joseph Miguel de Goicoa, uno de los cuatro regidores de San Sebastián y su teniente de alcalde, y de su mujer, Francisca Antonia Labart, hija de un capitán de navío destinado en la Compañía Guipuzcuana de Caracas, fue elegido para sentar plaza de guardiamarina en el Departamento del Ferrol de nueva creación a los 19 años. En 1778 ascendió a alférez de fragata. Navegó por el Báltico y aguas de Norteamérica (Filadelfia y otros puertos de los Estados Unidos) desempeñando puestos de oficial subalterno. Entre 1788 y 1789 participó en la expedición de reconocimiento al estrecho de Magallanes a bordo del paquebote Santa Eulalia, bajo las órdenes de Antonio de Córdova. En ella se realizaron investigaciones geográficas y astronómicas de un alto valor científico; en adelante se recomendó la ruta del cabo de Hornos, y no el estrecho de Magallanes, para adentrarse en el Pacífico. Posteriormente, Goicoa pasó al apostadero de la isla de Santo Domingo, al mando de la balandra Ventura. Regresó a Cádiz en 1795 y en agosto de 1796 fue promovido al empleo de capitán de fragata. En febrero de 1797 asumió el mando de la Ceres, en la escuadra de José de Mazarredo con motivo del bloqueo de Cádiz por el almirante Nelson. Al año siguiente embarcó como segundo comandante en el navío San Telmo. [...]