Miembro de una familia de la burguesía local, al estallar la Guerra Civil se alistó en las unidades falangistas y combatió en el frente de Córdoba. En 1940, se licenció en Filosofía y Letras, en la rama de Historia, especializándose en temas relativos a la América hispánica, fundando la Escuela de Estudios Hispanoamericanos de Sevilla, la Universidad Hispanoamericana de La Rábida y la Asamblea de Americanistas.

En marzo de 1949, obtuvo la Cátedra de Historia de los Descubrimientos Geográficos, primero en Sevilla, y luego, en 1951, en Madrid.

Consejero de número del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) y miembro del Opus Dei, colaboró, al lado de Rafael Calvo Serer y otros militantes de la Obra, en la revista Arbor, de la que fue secretario. Además, fue uno de los fundadores de la Biblioteca del Pensamiento Actual, de editorial Rialp, en la que se publicaron una serie de obras de escritores, filósofos e historiadores españoles y extranjeros, entre los que destacan Vicente Palacio Atard, Gonzalo Fernández de la Mora, Rafael Calvo Serer, Juan José López Ibor, José María Jover, Ángel López-Amo, Antonio Millán Puelles, Romano Guardini, Etienne Gilson, Carl Schmitt, Amintore Fanfani, Karl Löwith, etc. El proyecto político auspiciado por Pérez-Embid se sintetizaba en un acuerdo entre el general Franco y don Juan de Borbón, que se plasmaría en la instauración de la Monarquía tradicional, la articulación de la “conciencia nacional unitaria”, basada en los supuestos del tradicionalismo menendezpelayista, y en la asunción de las técnicas del neocapitalismo, para el logro del desarrollo económico. Se trataba de lograr, dirá Pérez-Embid, “la españolización de los fines y la europeización de los medios”. [...]