Era hijo de Jorge Furtado de Mendonça, comendador de la Orden de Santiago, y de Mecia Henriques.

Comenzó sus estudios en Lisboa y los finalizó en la Universidad de Coímbra, como pensionista y alumno del Colegio de San Pedro.

En 1597, cuando era canónigo de la Sé de Lisboa, fue escogido por el rey Felipe II de España, I de Portugal, como rector de la Universidad de Coímbra, y tomó posesión de este cargo el 19 de julio de ese año, manteniéndose en esas funciones hasta enero de 1605. [...]