Aguirre, Francisco de. Talavera de la Reina (Toledo), c. 1500 – La Serena (Chile), c. 1581. Conquistador, encomendero, alcalde y gobernador de Tucumán.
Hijo del contador Hernando de la Rúa y de Constanza de Meneses, propietarios en Valverde y en Talavera de la Reina, adquirió una regular instrucción en su ciudad natal, se alistó muy joven en las tropas imperiales y participó en las guerras en Italia.
Estuvo en Pavía, en febrero de 1525, y en el saqueo de Roma, en mayo de 1527, con una compañía a su mando defendió de la soldadesca a un convento de religiosas. El mismo año 1527 retornó a Talavera de la Reina, donde contrajo matrimonio con su prima María de Torres y Meneses.
Las noticias de la conquista del imperio inca por Francisco Pizarro, llegadas a España a mediados de 1533, impulsaron a Aguirre a incorporarse a la aventura americana. Dejó a su esposa y a sus hijos en Talavera, y “con razonable casa de escuderos y muchos arreos y armas y algunos criados y amigos” —su hermano Diego de Torres y cinco personas más, según su pase a Indias fechado el 23 de octubre de 1536— se dirigió a Madre de Dios, en Castilla de Oro (Panamá). Desde allí viajó al Perú, donde llegó en 1537. No consta su participación en las luchas entre Pizarro y Almagro, aunque se sabe que en 1538, después de la muerte de este último, se incorporó a un refuerzo que marchó de Lima a Cuzco y de allí a Cochabamba en socorro de Gonzalo Pizarro, que estaba sufriendo los ataques de los indígenas.
En 1539 fue nombrado teniente de gobernador de Charcas, para sustituir al capitán Diego de Rojas, que había iniciado una expedición al Gran Chaco, la región de los indios chiriguanos. Después de haber ejercido sus funciones durante casi un año, Aguirre recibió un llamado de Rojas y decidió partir en su auxilio. En obedecimiento de sus órdenes, Aguirre retrocedió a la región de los chichas, al oeste de Tarija, para buscar un lugar que sirviera de campamento a los soldados, que venían “muy faltos de comida”. Pero se produjo el desbande de ellos, y mientras algunos se iban a La Plata o Chuquisaca, otros optaron por seguir a Pedro de Valdivia, que a fines de enero de 1540 había iniciado la conquista de Chile. Aguirre determinó reunirse con éste, para lo cual cruzó, con veinticinco soldados, la cordillera de los Andes y lo esperó en Atacama la Grande (San Pedro de Atacama). Valdivia llegó a principios de junio y permaneció allí dos meses para preparar el cruce del desierto, tiempo en el cual sufrieron las hostilidades de los aborígenes, que tenían su refugio en el pucará de Quítor, en “un cerro agrio y muy alto”. Valdivia despachó a Aguirre con treinta soldados a ocuparlo. “Llegados al fuerte —narra el cronista Jerónimo de Vivar—, acometieron como españoles que eran a una pared y la derribaron, y Francisco de Aguirre saltó por la pared con su caballo. Pues, viendo los españoles a su capitán dentro, cobraron más ánimo y apretaron a los indios de tal manera que los desbarataron [...]” El arrojo del conquistador y su preferencia por actuar con reducidos grupos de soldados le dieron muy pronto sobrada fama.
Tras iniciar el 15 de agosto de 1540 el cruce del despoblado de Atacama, la hueste entró a mediados de septiembre al valle de Copayapo (Copiapó) o de la Posesión, como lo bautizó Valdivia, y permaneció allí tres meses. Continuó hacia Huasco, Coquimbo y Chile (Aconcagua), donde experimentó la resistencia de los naturales. En el valle del Mapocho, más al Sur, Valdivia fundó el 14 de febrero de 1541 la ciudad de Santiago. Aguirre fue favorecido con un solar en el costado oriente de la Plaza Mayor, y allí alzó una casa de dos pisos. Al constituirse tres semanas después el primer cabildo, el 7 de marzo, Francisco de Aguirre fue nombrado alcalde ordinario, cargo que volvió a ocupar en 1545 y en 1549. Fue también regidor los años 1542, 1544, 1546 y 1547, y sirvió, asimismo, como factor real entre 1541 y 1543.
Con apenas seis meses de vida, la nueva fundación experimentó su primer tropiezo. El 11 de septiembre de 1541, y en ausencia de Valdivia, fue atacada e incendiada por los indígenas. En esa ocasión se distinguió Aguirre en la defensa del poblado, al mando de uno de los cuatro grupos que enfrentaron a los naturales. Según el cronista Pedro Mariño de Lobera, debió de combatir sin descanso largas horas, “y en todo este tiempo no dejó la lanza de la mano trayéndola siempre apretada en ella para dar los botes con más fuerza; vino a quedar la mano tan cerrada que cuando quiso abrirla y dejar la lanza, que tenía casi tanta sangre como madera, no pudo abrir la mano ni despegar la lanza ni otros algunos que procuraron abrírsela fue parte para ello. Y así fue el último remedio aserrar el asta por ambas partes, quedando metida la mano en la empuñadura sin poder despegarse, hasta que con unciones poco a poco se fue molificando, y se abrió al cabo de veinte y cuatro horas [...]”.
En 1544, y a las órdenes de Francisco de Villagra, hizo un reconocimiento de la región meridional. Como los indígenas prefirieran emigrar al sur del río Maule para no someterse a los españoles, Villagra alzó un fuerte a orillas del río Itata, que quedó a cargo de Aguirre y de una pequeña guarnición de veinte soldados. En febrero de 1546, al iniciar Valdivia el reconocimiento del territorio situado entre los ríos Ñuble y Biobío, Aguirre quedó con el gobierno militar de Santiago.
En 1549, nombrado por el cabildo capitán a guerra para defender la ciudad de los aborígenes, cuya sublevación se temía a raíz del alzamiento de los indios de Copiapó y Coquimbo, que concluyó con la destrucción de La Serena, fundada en 1544 por Juan Bohón, realizó una expedición hasta el valle del río Choapa.
Como alcalde ordinario que era de Santiago, le correspondió el 20 de junio de dicho año tomar el juramento de estilo a Pedro de Valdivia, que había retornado del Perú con el nombramiento de gobernador de la Nueva Extremadura. El mismo día Aguirre fue designado teniente de gobernador de La Serena, con la orden de repoblar esa ciudad, y un mes después Valdivia le añadió la facultad de conceder encomiendas de indígenas. El 26 de agosto de 1549 se realizó la ceremonia oficial de repoblación de la ciudad, si bien la reconstrucción había comenzado meses antes.
Desde que se efectuó el asentamiento en el valle del Mapocho, empezó la distribución de los aborígenes. Aguirre recibió cien indios en Mapocho y unos mil en el valle del río Cachapoal. Al reducir Valdivia, el 25 de julio de 1546, el número de encomenderos de Santiago, Aguirre vio aumentar el número de sus indios. Por merced de 22 de julio de 1549, Valdivia le concedió además las encomiendas de indios de Copiapó y Coquimbo, vacantes por muerte a manos de aquellos del anterior beneficiario, el capitán Juan Bohón.
Reducidos a la obediencia los naturales de Coquimbo, Aguirre partió con once soldados y trescientos indios amigos al valle de Copiapó, donde, después de seis meses de lucha, logró vencer a los alzados. Pacificada la región septentrional de la Nueva Extremadura, los españoles pudieron entonces iniciar el cultivo de las tierras y la extracción de oro de los lavaderos de Andacollo.
En 1549, el capitán Juan Núñez de Prado salió desde Potosí con una pequeña hueste para poblar la provincia de Tucumán, de acuerdo a una provisión del presidente Pedro de La Gasca. En 1550 fundó allí la ciudad de Barco. Francisco de Villagra, de regreso del Perú con refuerzos para Chile, logró que Núñez de Prado se sometiera a Valdivia. Éste le amplió a Aguirre, el 8 de octubre de 1551, la jurisdicción que ejercía, e incluyó en ella a Barco. Núñez de Prado, para eludir las aspiraciones expansionistas de Valdivia, trasladó la ciudad a veinticinco leguas de su anterior emplazamiento, y aun la volvió a fundar por tercera vez, y más lejos, en tierras de los indios juríes. El 14 de octubre de 1552 Valdivia otorgó a Aguirre un nuevo título que, dejando vigente la provisión anterior, le nombraba su teniente general en los términos de La Serena y Barco, con la facultad de poblar villas y ciudades “hasta la mar del norte”, es decir, hasta el Atlántico, y exento de la jurisdicción de su teniente general en Chile, que lo era Francisco de Villagra. Esta provisión, pregonada en la plaza de Santiago el 16 de ese mes, y en La Serena el 10 de noviembre, suponía el alejamiento de Aguirre. Pero el 9 de noviembre el cabildo de Santiago elevó a Valdivia una petición de varios capítulos, uno de los cuales se refería a que impidiera a Aguirre intentar conquistar y poblar en “los términos de esta dicha ciudad; porque viendo que no son de su jurisdicción los soldados que con él van, harán malos tratamientos a los naturales, sacándolos y llevándolos de su casa”. Valdivia respondió que ya le estaba mandado a Aguirre que poblara en los términos de La Serena y no en los de Santiago.
Desde La Serena pasó Francisco de Aguirre al Tucumán, a principios de noviembre, con sesenta o setenta hombres. Sometió a los diaguitas del valle Calchaquí y después entró a la ciudad de Barco. El 21 de mayo de 1553 tomó posesión del gobierno del nuevo territorio a nombre de Valdivia, hizo detener a Núñez de Prado y lo expulsó a Chile junto con algunos soldados y con los padres Trueno y Carvajal, y por junio volvió a trasladar la ciudad, alzando la nueva a media legua de distancia, a orillas del río Dulce, ahora con el nombre de Santiago del Estero. El 23 de diciembre de 1553 escribió Aguirre al Rey pidiéndole que le otorgara directamente a él el gobierno de Tucumán, con el litoral de Atacama y Coquimbo incluido. Una carta del cabildo de Santiago del Estero al Monarca, de igual fecha, respaldó las pretensiones de Aguirre. Demostrando su gran talento de organizador y su capacidad para entender a los indígenas y hacerse respetar de ellos, se consagró a repartir tierras y encomiendas, y a preparar las siembras. Fue a continuación a la conquista de la región del río Salado y al descubrimiento del río Bermejo, “e trajo de paz mucha gente”.
Pero la muerte de Pedro de Valdivia a manos de los indios en Tucapel, el 25 de diciembre de 1553, interrumpió la labor del conquistador, y le abrió una nueva y más atractiva oportunidad: el gobierno de la Nueva Extremadura.
Años antes, y para prevenir eventuales problemas al iniciar una expedición al sur del territorio, Pedro de Valdivia había entregado el 23 de diciembre de 1549 al cabildo de Santiago un testamento cerrado en que nombraba para sucederle en el gobierno de Chile a Jerónimo de Alderete o, en su ausencia, a Francisco de Aguirre, omitiendo a su teniente general Francisco de Villagra, por encontrarse entonces en Perú en busca de refuerzos.
El 11 de enero de 1554, el cabildo de Santiago, enterado del fallecimiento de Valdivia, y temiendo las pretensiones de Aguirre, eligió por gobernador de la Nueva Extremadura al capitán Rodrigo de Quiroga, “para excusar escándalos y alborotos que se suelen ofrecer en semejantes tiempos en estas partes de las Indias”. Abierto al día siguiente el testamento del infortunado gobernador, el cabildo prefirió mantener secreto su contenido, pues Alderete estaba en España, Aguirre, en Tucumán y Villagra en Arauco. Con todo, acordó escribir al cabildo de La Serena dando cuenta de la muerte de Valdivia y del nombramiento de Quiroga en su reemplazo, haciéndose cargo de lo que el gobernador “capituló con el general Francisco de Aguirre para después de sus días”. Los miembros de la corporación, que conocían el carácter irascible de Aguirre, justificaron su actitud en la necesidad de mantener la “paz y quietud”. Pero ya el 7 de febrero de 1554 se supo en Santiago que los cabildos de Imperial, Concepción, Valdivia, Villarrica y Confines habían reconocido como gobernador a Villagra. El 26 de febrero el cabildo, considerando que aquél estaba combatiendo en Arauco a los indígenas a la cabeza de un numeroso contingente, decidió limitar la jurisdicción de Quiroga a sólo Santiago y sus términos, y escribió al Rey y a la Real Audiencia de Los Reyes para que nombrara a Francisco de Villagra por gobernador. El 17 de marzo, y a petición del cabildo, renunció Quiroga al cargo de gobernador, si bien esa corporación se negó también a recibir como tal a Villagra.
El 22 de marzo llegaron a Santiago del Estero los portadores de cartas de Rodrigo González, cura de Santiago, Diego Sánchez de Morales y otros personajes, que conminaban a Aguirre a retornar a Chile, porque esa tierra “estaba desamparada”.
Aguirre nombró al día siguiente a su primo, el capitán Juan Gregorio Bazán, para que sirviera como su teniente en Tucumán; se hizo reconocer como gobernador de Chile por el cabildo de Santiago del Estero; concluyó el reparto de tierras en la jurisdicción de los juríes entre los vecinos de ésta, y el 28 de marzo, con sesenta hombres, inició el regreso a La Serena, donde también se hizo reconocer como gobernador.
El 9 de abril el cabildo de Santiago encargó a dos regidores que fueran a La Serena y pidieran a Aguirre que no ingresara con gente de guerra en los términos de la capital, para evitar un encuentro con Villagra y su gente, que estaban también allí. La gestión, cumplida por el regidor Diego García de Cáceres, fue infructuosa. El 5 de julio se dio lectura en el cabildo de Santiago a una carta de Francisco de Aguirre, llevada por su hijo Hernando, llegado desde España tal vez el año anterior, y a un documento en que aquél se nombraba gobernador. La respuesta del cabildo fue que ni él ni otra persona serían recibidos en esa calidad hasta que lo mandara el Rey, “y que no pretenda alborotar la tierra”. El 23 de julio el cabildo acordó poner las pretensiones de Aguirre y de Villagra en manos de dos letrados, los primeros llegados a Chile desde el Perú, “para ver a quién pertenece el gobierno de esta tierra”. Aunque Aguirre se negó a someter sus títulos a los licenciados Julián Gutiérrez de Altamirano y Antonio de las Peñas, no avanzó sobre Santiago, como temía el cabildo, por carecer de suficientes soldados. En su resolución, los letrados dejaron que continuara gobernando el cabildo en los términos de Santiago y fijaron un plazo de siete meses para esperar la respuesta de la Real Audiencia de los Reyes, concluido el cual se debía recibir a Villagra por gobernador de Chile.
Tan pronto éste abandonó Santiago con más de ciento cincuenta soldados en auxilio de las ciudades del Sur, Aguirre reanudó su instancia ante el cabildo de Santiago, que fue otra vez rechazada. Al iniciarse el año 1555 los rumores de la llegada de Aguirre con soldados alarmaron a la población, pero sólo se hizo presente su hijo Hernando con unos pocos soldados, que fueron de inmediato detenidos. Hernando de Aguirre era portador de una carta de su padre y de un despacho de la Audiencia de los Reyes que daba aviso del alzamiento de Francisco Hernández Girón.
Aguirre se mantuvo en La Serena, enviando amenazadoras cartas al cabildo de Santiago, pero la llegada en mayo del contador Arnao Zegarra Ponce de León con una provisión de la Audiencia de los Reyes sobre el gobierno de Chile lo obligó a entregar al cabildo el ejercicio de sus funciones en los términos de La Serena. La provisión, de 13 de febrero de 1555, anuló los nombramientos hechos por Valdivia, y dispuso que los alcaldes ordinarios administraran la justicia en sus respectivas ciudades, y que se esperara la provisión del cargo vacante. Desvanecidas las esperanzas de Aguirre de obtener el gobierno de Chile, envió al Tucumán armas, caballos, yeguas, vacas y ovejas, pólvora, herrajes, herramientas, vides, higueras y semillas de algodón para consolidar la colonia.
Después de junio de 1555 inició viaje a Chile María de Torres, la mujer de Aguirre, para reunirse con él tras casi veinte años de separación. La acompañaron dos hijas, una de ellas Constanza de Meneses, un hijo, dos sobrinos y numerosa servidumbre.
El 28 de junio de 1556 entró a la Ciudad de los Reyes el nuevo virrey, Andrés Hurtado de Mendoza, marqués de Cañete, quien, informado de la muerte en Panamá de Alderete, provisto gobernador de Chile, designó en su reemplazo a su propio hijo García de Mendoza el 9 de enero de 1557. Tal vez como parte de las medidas que deseaba tomar para evitar un enfrentamiento en Chile entre Aguirre y Villagra, el virrey dispuso retener en el Perú a la mujer y a los hijos de aquél. Cuando a fines de abril llegó a La Serena el nuevo gobernador, Francisco de Aguirre lo recibió en su propia casa y le hizo grandes muestras de sumisión. Pero don García ordenó prenderlo y conducirlo a bordo de un galeón, en el que poco después hizo embarcar también a Villagra, con lo que logró que “los dos gobernadores que no cabían en seiscientas leguas, que cupiesen en la cámara del navío”. El 29 de abril de 1557, antes de que zarpara la nave, el licenciado Hernando de Santillán inició un proceso contra Aguirre, su hijo Hernando y catorce personas más. Para el virrey Cañete el conquistador era “el más vano y belicoso que se pueda decir, tanto que no quiso dejar el nombre de gobernador ni la señoría”. Para el oidor Juan de Matienzo, que lo conoció bien, era, en cambio, “muy buen capitán, y muy temido, querido y reverenciado de indios”.
Secuestrados sus bienes y conducido al Callao, donde llegó el 21 de junio, permaneció preso por más de un año y fue procesado por la Audiencia. El tribunal, al no encontrar cargos contra Aguirre, acordó absolverlo, y ordenó la restitución de sus bienes, sentencia que no pudo entonces cumplirse por la activa intervención del virrey y de su hijo. Pero la gestión del marqués de Cañete fue inesperadamente interrumpida con el nombramiento, el 6 de junio de 1558, de Diego de Acevedo y Zúñiga, conde de Nieva, como su reemplazante. Aguirre, entretanto, extendió junto con su mujer diversos poderes a vecinos de Talavera de la Reina para enajenar bienes y para que solicitasen ante el Consejo de Indias el gobierno de La Serena y de las provincias de Juríes y Diaguitas, con la ciudad de Santiago del Estero, más la concesión a perpetuidad de su encomienda de indios, el título de adelantado de una gobernación, y un hábito de Santiago o de Alcántara en premio de los servicios prestados a la Corona. Estas peticiones fueron elevadas por el Consejo en consulta al Rey el 7 de febrero de 1559. Además, envió a su sobrino Diego de Villarroel a España para que gestionara su pretensión. De todas ellas, sólo le fue concedido el hábito de Santiago en Middelburg, Países Bajos, el 20 de agosto de 1559.
El mismo año 1559 pudo retornar Aguirre a Chile acompañado de su mujer y de sus hijos, y se dedicó a rehacer su fortuna en los trabajos de las minas y de sus propiedades rústicas. Vivía habitualmente en La Serena, pero solía retirarse a su estancia de Copiapó, donde había hecho construir una casa fuerte, el castillo de Montalván, desde donde podía llevar una estrecha vigilancia de los viajeros que venían del Perú y conocer los despachos y cartas de que eran portadores.
El 15 de marzo de 1559 el Rey nombró a Francisco de Villagra gobernador de Chile, manteniendo dentro de su jurisdicción a la provincia de Tucumán. El nuevo gobernador designó a Gregorio de Castañeda su teniente en las tierras transandinas y envió a un juez a procesar a Aguirre por los desafueros cometidos por éste. Los autos se remitieron a la Ciudad de los Reyes, pero no se conoce la resolución adoptada. Tras un breve retiro en Copiapó, Aguirre retornó a La Serena y reanudó sus instancias para obtener el gobierno de Tucumán. El 13 de marzo de 1562 Hernando de Aguirre presentó, a nombre de su padre, una solicitud al virrey conde de Nieva para que, ya que no quería nombrar gobernador de Tucumán, remitiera los autos a España a fin de que resolviera el Monarca. Así lo hizo el virrey el 16 de abril de 1563, y entre febrero y junio de ese año extendió el nombramiento de gobernador de Tucumán a favor de Aguirre. El 29 de agosto de 1563, el Rey separó definitivamente de Chile la gobernación de Tucumán, Diaguitas y Juríes, que incluyó en el distrito de la audiencia de Charcas. Además, el título de Aguirre fue confirmado por el sucesor de Nieva, el licenciado Lope García de Castro. Previendo su posible fallecimiento en Tucumán, Aguirre otorgó testamento el 12 de octubre de 1563, y en diciembre de 1564 salió de Copiapó hacia Charcas a fin de reunir un contingente de soldados. Poco antes había enviado a su hijo Hernando a Santiago del Estero. En este segundo gobierno Aguirre ordenó a su sobrino y teniente Diego de Villarroel que fundara la ciudad de San Miguel de Tucumán, lo que cumplió el 31 de mayo de 1565, y llevó a cabo campañas contra los indios diaguitas y contra su jefe, el cacique Juan Calchaquí. Por último, el 12 de mayo de 1566 inició, por sugerencia del oidor Matienzo, una expedición a la provincia de los comechingones, es decir, a la región situada entre la Sierra de Córdoba y el Río de la Plata, con el notable proyecto de fundar otra ciudad y a continuación un puerto para comunicarse directamente y en forma segura con España. Siendo probablemente julio de 1566, sus soldados se amotinaron, obedeciendo órdenes, según dijeron, de Pedro Ramírez de Quiñones, presidente de la Audiencia de Charcas, prendieron a Aguirre, a sus hijos Hernando y García, a su yerno Francisco de Godoy y a sus más adictos, y proclamaron en su lugar al general Jerónimo de Holguín. Aguirre fue llevado a Charcas con grillos en los pies, acusado de haber cometido diversas faltas contra la fe. El violento carácter del conquistador y sus intemperancias verbales lo habían malquistado con numerosos religiosos y clérigos. Así, tuvo diferencias con el presbítero Julián Martínez, a quien le desconoció su calidad de vicario y lo desterró de Tucumán, y tampoco fueron buenas sus relaciones con el vicario Francisco Hidalgo. Precisamente el presbítero Martínez logró reunir numerosas acusaciones contra el conquistador, por las proposiciones heréticas y escandalosas que había pronunciado, las que sirvieron de base al proceso que se le instruyó en La Plata por orden del obispo de Charcas, fray Domingo de Santo Tomás Navarrete. Aguirre, en tanto, con el apoyo de los oidores de la Audiencia, logró la detención de Jerónimo de Holguín, cabecilla de la revuelta de Tucumán, pero el presidente Ramírez de Quiñones lo ayudó a fugarse. El matrimonio de Hernando de Aguirre con una hija del oidor Matienzo aumentó el encono de los adversarios del conquistador. Por fin, después de más de dos años de prisión, el 15 de octubre de 1568 se pronunció la sentencia contra Aguirre, condenándosele a una retractación pública en la iglesia parroquial de Santiago del Estero, a pagar mil quinientos pesos de plata sellada, a donar a dicha iglesia una campana y a cargar con las costas del proceso.
Pretendió Aguirre retornar de inmediato a reasumir sus funciones en el gobierno de Tucumán, pero la Audiencia le negó el permiso. El obispo de Charcas, por su parte, dispuso que la sentencia se cumpliera en la catedral de La Plata, donde finalmente se realizó la ceremonia de abjuración el 1 de abril de 1569. Por carta de 6 de junio de ese año dicho obispo envió al Consejo de Indias un traslado de la retractación de Aguirre, como prueba de la inconveniencia de darle nuevamente el gobierno de Tucumán. Pero con anterioridad, el 25 de febrero de 1567, el Rey había confirmado el nombramiento extendido por el licenciado Lope García de Castro. Aguirre, en conocimiento de este hecho, salió de La Plata a fines de junio de 1569. A principios de noviembre, tras un viaje lleno de peripecias, se reintegró por tercera vez al mando de Tucumán. Removió entonces de sus cargos a quienes consideraba sus enemigos, desterró a los que colaboraron en su detención en 1566, escribió cartas injuriosas al presidente Quiñones, se trenzó en una agria querella con el vicario Hidalgo, y, al mismo tiempo, adoptó medidas de seguridad: construyó una casa fuerte rodeada de fosos, montó un cañón que hizo llevar desde Chile, organizó una guardia permanente y llamó a La Serena a su yerno Francisco de Godoy para que le socorriera con soldados.
Las quejas contra Aguirre no tardaron en llegar a Los Reyes, y sus adversarios aprovecharon la oportunidad. Reunido el 14 de marzo de 1570 el recién instalado Tribunal de la Inquisición, acordó procesar a Aguirre y solicitar al virrey Francisco de Toledo su prisión y el secuestro de sus bienes. Detenido una vez más el gobernador, y tras un viaje de siete meses hasta la Ciudad de los Reyes, permaneció encarcelado durante los cinco años que duró el proceso. La sentencia —abjuración de vehementi, destierro perpetuo del Tucumán, reclusión por cuatro meses en un convento limeño y pago de las costas— no parece congruente con el extremo rigor con que se le trató. Según el visitador del Tribunal del Santo Oficio, Juan Ruiz de Prado, las irregularidades de ese proceso obedecieron a la intervención del virrey Toledo, quien destituyó a Aguirre del gobierno de Tucumán el 20 de septiembre de 1571, a poco de iniciarse el juicio en su contra.
Por abril de 1576, emprendió el conquistador el viaje de retorno a La Serena, donde llegó, anciano, achacoso y endeudado, a reunirse con los suyos. Para remediar su situación, el gobernador Rodrigo de Quiroga le hizo merced el 20 de septiembre de 1576 de un extenso retazo de tierras en el valle de Copiapó. Allí alzó casas y un ingenio de azúcar, y plantó viñas. El 1 de julio de 1580 Aguirre escribió a Felipe II en solicitud de premios por sus dilatados servicios, carta en que aludía a sus estrecheces económicas y a los numerosos hijos y parientes que habían muerto en el real servicio. Una Real Cédula de 28 de diciembre de 1583 pedía al gobernador de Chile Alonso de Sotomayor que informara sobre la petición de Aguirre de reconstruir a su costa la casa fuerte de Montalván, dándosele el título de alcaide de ella a él y a sus hijos. Pero el conquistador había fallecido probablemente hacia 1581; la fecha no se ha podido precisar, porque el incendio de La Serena por el pirata inglés Bartolomé Sharp, en 1680, destruyó los archivos.
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Fernando Silva Vargas