Fue hermanastra de José Francisco de Isla, que había ingresado en los jesuitas en 1719. Tras quedar viudo, su padre casó en segundas nupcias con una ilustre señora de Santiago, matrimonio del que nació María Francisca. Su progenitor debió de cuidar de su formación, que no se conoce, lo cual le permitió desarrollar de manera temprana su claro ingenio y sus habilidades literarias.

En 1754 se casó con Nicolás de Ayala. Su vida transcurrió de forma tranquila en su ciudad natal, dedicada a las tareas intelectuales por las que mostraba un gran interés. Tuvo una excelente relación con su hermano José Francisco, que admiraba su capacidad hasta el punto de que le enseñaba sus obras antes de publicarlas, aceptando muchas de las correcciones que ésta le hacía. Tuvieron correspondencia durante mucho tiempo, ya que el género epistolar les interesaba de manera especial, dejando el jesuita abundantes epístolas inéditas. A lo largo de muchos años estuvo preparando una colección de Cartas familiares, que tenía como destinatarios a su hermana y a su cuñado, según la información que proporciona Serrano y Sanz. En una misiva que le dirigió el 10 de noviembre de 1758 desde el convento de Villagarcía de Campos hacía referencia a la misma diciendo que habría de incluir una “Carta al autor de una dama hermana suya”, siguiendo el ejemplo de otra de Plutarco, que había conocido en una traducción hecha por el abate Andrés Dacier, asegurando que su relación con ella era muy valiosa: “¿Quieres que te diga una verdad? Más aprecio tu aprobación que la de todo el mundo entero, porque más te amo a ti que a todo el mundo junto. Como mis trabajos contribuyan para aliviarte un breve rato, no quiero otro premio de ellos; y esto no va en el estilo poético, sino en el idioma del corazón” (Serrano y Sanz, 1903- 1905: 536). Y en el “Prólogo” de un libro de piedad del italiano que tradujo del sacerdote Francisco Bellati, Arte de encomendarse a Dios, le pondría esta sentida dedicatoria: “Hija, hermana y señora mía: hija, porque te saqué de pila; hermana, porque tuvimos un mismo padre, aunque con gran distancia de años; y señora mía, por el respeto que se debe a tu sexo, sin ofensa del fraternal amor ni de la más avanzada ancianidad”. [...]