En muchos documentos su nombre aparece escrito como Juan de Villalba. Casó con Catalina de Guevara. Fue nombrado como gobernador de Costa Rica por el Rey el 27 de agosto de 1629 y aparece en funciones desde 1630. Sirvió al Ejército durante cuarenta años. La gobernación de Juan de Villalta coincidió con la consolidación en Cartago de la segunda generación de conquistadores- pobladores. Algunos de ellos tuvieron problemas con este gobernador, debido a que pretendía llevar a cuentas a un miembro de ese grupo de vecinos, Juan de Echavarría Navarro, quien había sido tesorero y era un miembro fundador de una de las principales familias de origen vasco en la provincia.

Durante la primera mitad del siglo XVII, Costa Rica sufría una severa crisis comercial, situación que se recrudeció cuando la Corona emitió la orden de cobrar la doble alcabala. La reacción de los vecinos de Cartago fue inmediata y elevaron un escrito al Rey en donde se informaba acerca de la pobreza generalizada de la provincia y de la falta de minerales, motivo por el cual era poco apropiado que se cobrase la alcabala. [...]