De la vida anterior de García de Arboleya se conoce poco. En 1801, fue asignado como primer médico del navío San Julián que hacía la ruta de Cádiz a Veracruz, que estaba al mando de Francisco Mondragón.

Este barco fue el que se encargó del traslado de toda la familia de José de Iturrigaray, cuñado de Manuel Godoy, cuando fue nombrado virrey de la Nueva España.

Durante la travesía por el Atlántico, la mayor parte del pasaje y la tripulación sufrió una epidemia de fiebres gástricas. García de Arboleya, en calidad de primer médico se tuvo que encargar directamente de la salud de toda la familia virreinal. Este servicio provocó que el virrey le concediese la licencia para abandonar el buque y pasar a la Nueva España. [...]