Nació en el seno de una familia oscense hidalga.

Perena cursó estudios superiores en la Universidad Sertoriana de Huesca, obteniendo en ella el grado de maestro en Artes (1782) y los títulos de licenciado y doctor en Leyes (1789).

Al comienzo de la Guerra contra la Convención (1793-1795), Felipe Perena levantó a sus expensas una compañía de voluntarios, que llegó a estar formada por doscientos veinte hombres. El 10 de junio de 1793 recibió su nombramiento como capitán, participando pocos días más tarde, el 1 de julio, en su primera acción de guerra. [...]