Nació en Santa Fe de Bogotá, capital del Nuevo Reino de Granada en 1764, siendo sus padres Benito Agar y Leis, caballero de la Orden de Santiago y María Josefa Bustillo y Pérez, naturales de La Coruña. El 22 de mayo de 1780, con dieciséis años de edad le fue concedida plaza de guardiamarina ingresando en la Real Compañía de Cádiz, donde cursó sus estudios con notable aprovechamiento, distinguiéndose por su talento y aplicación, lo que le valió el nombramiento de brigadier de guardiamarinas, de cuya clase embarcó en el navío Santo Domingo en 1781, el mismo año en que ascendió a alférez de fragata el 16 de diciembre.

Embarcó en la Escuadra de don Luis de Córdoba, asistiendo en 1782 a las operaciones del bloqueo de Gibraltar, así como en el combate naval de la desembocadura del Estrecho sostenido con la escuadra inglesa del almirante Howe. Hecha la paz en 1783, desembarcó pasando a realizar el curso de estudios superiores que llevó a cabo con toda lucidez. [...]