Nació este ilustre costarricense en la villa de Bagaces, Guanacaste, al norte de Costa Rica, hijo de José Francisco Madriz, cartaginés de origen español que ejerció el cargo de teniente de gobernador y juez político de Bagaces, y de Candelaria Cervantes, nativa de Heredia.

Juan de los Santos Madriz inició sus estudios en Cartago y luego se trasladó al seminario conciliar de León, en donde se ordenó sacerdote en 1813 y como doctor en Sagrados Cánones y bachiller en Leyes.

A su regreso a Costa Rica, Juan de los Santos mereció la confianza de sus conciudadanos para ejercer diversos cargos, los que desempeñó con acierto; sin embargo, fue su participación en los hechos de la independencia, la que lo elevarían a los primeros planos de la historia de Costa Rica. Sobre esto, dice su biógrafo el profesor Rafael Obregón Loría: “Su actuación política en los años de la Independencia fue sobresaliente y decidida. Habiendo sido electo, poco antes, Diputado a las Cortes españolas, no tomó posesión de su cargo, sino que vino a formar parte de las llamadas Juntas de Legados, que gobernaron a Costa Rica en los primeros años de vida independiente. [...]