Sus padres fueron Tomás Francisco de Ayala Medina y Calderón, natural de Logroño, España, y María Josefa de Gudiño y Toledo, natural de Panamá.

Juan de Dios Ayala fue soltero pero tuvo una hija con una mulata de Cartago llamada Luisa Ocaña o Luisa de Ayala. La hija llevó el nombre de María Paula de las Mercedes, bautizada en Cartago el 30 de junio de 1814.

Fue nombrado gobernador de la provincia de Costa Rica por Real Cédula, el 23 de agosto de 1809. Asumió el mando militar hasta el 13 de julio de 1810, tomó posesión formal hasta el 4 de diciembre de 1810 y gobernó hasta el 10 de junio de 1819, año en que falleció. [...]