Nació del matrimonio entre Domingo Hernández de Soto y Piedrahíta y Catalina Collantes, nieta de Francisca Coya, de la sangre de Huaina Capac, y fue bautizado en la iglesia parroquial de las Nieves. Desde joven mostró unas amplias dotes para la poesía.

Hizo sus estudios en el colegio seminario de San Bartolomé y posteriormente se doctoró en la Universidad Tomística, antes de lo cual escribió una serie de comedias que han desaparecido. Cuando se ordenó sacerdote, obtuvo los curatos de Fusagasuga, primero, y de Paipa, después. Estando de cura en este último pueblo fue nombrado tesorero en el coro de Popayán, aunque no llegó a tomar posesión de este cargo, pues, en 1654, recibió el nombramiento de racionero de la catedral metropolitana. Pasó por diferentes cargos: canónigo, tesorero, maestrescuela y chantre, además de provisor y gobernador del arzobispado en la Sede vacante del obispo Torres. En 1657, dio licencia para la fundación del Noviciado de los Jesuitas, que finalmente tuvo que ser trasladado a Tunja por problemas económicos. En estos años planeó además junto con el padre Hernando Cavero el reinicio de las misiones jesuíticas en la Audiencia. En 1661, el sucesor de Torres, Arguina, le confirmó su empleo de provisor pero un año más tarde Piedrahíta tuvo que enfrentarse a graves acusaciones supuestamente cometidas y derivadas de su mala relación con el oidor Cornejo, visitador de la Audiencia. Sin embargo, el Consejo de Indias sentenció a su favor y, en desagravio, fue rápidamente promovido al obispado de Santa Marta. [...]