Era hijo de Juan Manso de Zúñiga y de Magdalena Solas, noble familia riojana de la estirpe de santo Domingo de Silos. Su tío carnal Pedro, el doctor Manso, fue confesor de santa Teresa de Jesús en Burgos, y posteriormente obispo de Calahorra. Tuvo otros dos hermanos obispos, Pedro, patriarca de las Indias Occidentales, arzobispo de Cesarea, y Martín, obispo de Oviedo y de Burgo de Osma. También tuvo dos tías, una hermana y una sobrina abadesas del Real Monasterio Cisterciense de Santa María de Cañas, vecino del pueblo natal.

Estudió en Salamanca y en Valladolid. Muy joven, en 1608, fue catedrático de Salamanca y después rector de su universidad. Posteriormente fue nombrado canónigo, arcediano y provisor de la diócesis de Calahorra, de donde fue llamado para oidor de la Chancillería de Granada. Por sus méritos pasó al Consejo Supremo de Su Majestad y al Consejo de Indias. El 9 de agosto de 1627 fue preconizado obispo y Felipe IV lo presentó para la sede arzobispal de México, en Nueva España. Tuvo como provisor del Arzobispado al paisano de Arnedo Andrés Fernández de Ipenza, autor de una obra para hacer una buena confesión, y de un informe técnico sobre el desagüe de México fundado sobre una laguna. Manso de Zúñiga favoreció y dedicó a la Virgen de Valvanera una de las mejores iglesias de la capital. [...]