Miembro de una familia de la villa de Mula integrante de la clientela de la casa de los Fajardo, marqueses de Los Vélez, Francisco entró en el servicio directo del Rey como soldado, posiblemente en el momento en que el capital político de sus patronos se veía disminuido por la desgracia del II marqués.

Veterano de las campañas europeas, tras participar en la del condestable de Castilla sobre el ducado de Borgoña en 1595, regresó con permiso a la Península.

De nuevo presente sobre el territorio murciano como especialista militar a medio camino entre la nueva administración militar que se estaba intentando desplegar y el servicio a los Fajardo. En 1596 se encargó de comenzar el establecimiento de la milicia general en las ciudades de Murcia, Lorca y Cartagena, y al año siguiente intentó organizar el servicio de lanzas para el reino de Murcia. En ese mismo momento, al alcanzar la mayoría de edad el III marqués de Los Vélez, Luis Fajardo y Zúñiga, se propuso que el capitán Molina Soto le asistiera en sus funciones militares. En un primer momento el joven marqués parece que intentó promover al que ya era su “capitán de la gente de la milicia en los Estados del marqués de Los Vélez”, para que fuera nombrado como coordinador general de la milicia del reino de Murcia y marquesado de Villena. [...]