Fue hijo de Alonso de Vargas Ponce de León y de Margarita de Contreras. Era señor de la Casa de Vargas y se alistó de joven en los tercios españoles; luchó en tierras del reino de Nápoles y en otras italianas, acreditando tan distinguido valor como buena conducta castrense. En año no bien determinado pasó al Virreinato de la Nueva España como alcalde mayor de Teutila, donde tuvo una magnífica actuación. En 1679 (tenía unos veintinueve años) fue nombrado justicia mayor del Real de Minas de Tlalpujahua, cargo de mucha confianza y responsabilidad: se trataba de unas viejas minas de oro que, casi excepcionalmente, iban en aumento durante el siglo XVII. A su cargo se le añadió el de encargado de la real provisión de mercurio, para el proceso de amalgamación.

Tan bien desempeñó las anteriores funciones que, recomendado por el virrey conde de Paredes, fue nombrado, en 1690, por el Consejo de Indias, gobernador y capitán general de Nuevo México, una extensa gobernación, un territorio muy al Norte de la Nueva España, más o menos, el actual estado de Nuevo México (Estados Unidos de América). Su actuación era muy autónoma, pues solamente dependía del virrey en los ramos de Hacienda y de Guerra. [...]