Hijo de Silvestre de Aguirre y de Rosa Joaquina de Aguirre, fue bautizado en la parroquia de la Anunciación de Nuestra Señora de dicho pueblo. Sus padres le dieron esmerada educación. Estudió Gramática y Filosofía y cursó dos años de Derecho en la Universidad de Zaragoza, siguiendo más tarde la carrera sacerdotal, que concluyó en el Obispado de Calahorra.

Nombrado párroco de la villa alavesa de Mendívil, tuvo —a finales de 1807— un grave tropiezo con una columna francesa que atravesaba el lugar, no tardando, al iniciarse la Guerra de la Independencia, en ganarse la animosidad de los invasores y del general Bouquet, jefe de policía de la provincia. Acusado de formar parte de una partida de guerrilleros, fue perseguido y encarcelado. Consiguió, no obstante, huir y refugiarse en Cádiz, donde embarcó para La Habana. [...]