Hijo de Juan Hurtado de Mendoza el Limpio, alférez mayor de Castilla y mayordomo de Juan I, y de María de Castilla, hija del infante don Tello.

Heredó de sus padres la villa de Morón, y de su hermano Ruy Díaz de Mendoza, muerto sin descendencia, las de Mendívil, Nanclares, la Rivera, Martiola y los Cuetos.

Prestamero mayor de Vizcaya, fue nombrado mayordomo mayor de Castilla tras la muerte de su primo Pedro González de Mendoza, el de Aljubarrota, y a la muerte de Juan I fue miembro del Consejo de Regencia, en el partido del arzobispo de Santiago Juan García Manrique, obteniendo pingües beneficios de las rivalidades entre los distintos bandos nobiliarios durante la minoría de Enrique III, y logrando mantener el mayordomazgo, a expensas de su sobrino Diego Hurtado de Mendoza, al que en compensación se le entregó el almirantazgo de Castilla.

Tras ser declarado Enrique III mayor de edad, Juan Hurtado de Mendoza se convirtió durante algún tiempo en la primera figura de la Corte, encabezando el equipo de gobierno surgido de la segunda nobleza, y así, cuando entre enero y marzo de 1394 Martín de Vera, embajador del rey de Aragón, visitó Castilla, llevaba orden expresa de entrevistarse, entre otros, con Juan Hurtado de Mendoza, para conseguir una alianza con el marqués de Villena, que efectivamente fue firmada nada más llegar el marqués a Illescas. Al año siguiente, 1395, el Rey quiso hacerle merced de la villa de Ágreda, de dos aldeas de Soria, Ciria y Borovia, y del castillo de Vozmediano, pero estallaron fuertes disturbios en aquélla y al fin hubo de cambiarse esta donación por la de Almazán, con todas sus aldeas y villas, y el castillo de Gormaz. [...]