Tercer hijo del cardenal Mendoza (el Gran Cardenal) y de la vallisoletana Inés de Tovar, nació en fecha desconocida, aunque se estima que no pudo ser muy posterior a la del nacimiento de sus hermanos Rodrigo y Diego Hurtado de Mendoza. La primera mención que se encuentra sobre él es de 1487, cuando los Reyes Católicos autorizaron a su padre a hacer testamento en favor de sus hijos.

Fue destinado por su padre a la carrera eclesiástica, pero la abandonó para contraer matrimonio con Mencía de la Vega Sandoval, enlace que fue posteriormente anulado, lo cual permitió a Juan Hurtado de Mendoza contraer nuevo matrimonio, en 1504, esta vez con Ana de Beaumont y Aragón, hija del condestable de Navarra y de Leonor de Aragón (pariente por línea bastarda de Fernando el Católico), con la que tuvo dos hijos: Diego y Catalina. [...]