Ensayo histórico sobre los progresos de la Botánica, desde su origen hasta el día, considerados más especialmente con relación á España, Barcelona, 1842

Memoria sobre el estado actual de la Botánica y la Agricultura, Barcelona, 1842

Principi che devono regolare una Flora, applicati particolarmente alla formazione de la spagnuola (Letta alla Sezione di Botanica del Quinto Congresso degli Scienziati Italiani), Lucca, Tipographia di G. Giusti, 1843

Catalogus plantarum in Horto Botanico Barcinonensi annis MDCCCXLIII et MDCCCXLIV cultarum, Barcelona, Tipographia Josephus E. Monfort, 1844

Lettera del Dottore Micheli Colmeiro interno agli orti botanice in Ispagna, Modena, 1844

Catálogo metódico de plantas observadas en Cataluña, Madrid, Vda. é Hijos de Calleja, 1846

Universidad de Sevilla. Ampliación de la Botánica. Programa especificado ó resumen de las lecciones, Sevilla, 1847

Programa de Nociones de Botánica, Sevilla, 1847

Memoria sobre el modo de hacer las herborizaciones y los herbarios, Madrid, 1847

Apuntes para la Flora de las dos Castillas, Madrid, Repullés, 1849

Recuerdos botánicos de Galicia, Santiago de Compostela, 1850

Investigaciones sobre la antiquísima madera conocida en Sevilla con el nombre de alerce, Sevilla, 1852

Nuevas investigaciones sobre los alerces que por tradición se supone haber existido antiguamente en los alrededores de Sevilla y Córdoba, Sevilla, 1852

con Esteban Boutelou, Examen de las encinas y demás árboles de la Península que producen bellotas, con la designación de los que se llaman mestos, Sevilla, José M. Geofrin, 1854

Curso de Botánica o Elementos de Organografía, Fisiología, Metodología y Geografía de las plantas, con la clasificación y caracteres de sus familias y la indicación de propiedades y usos, tanto médicos como económicos, Madrid, Calleja Editor, 1854-1857

La botánica y los botánicos de la Península hispano-lusitana. Estudios bibliográficos y biográficos, Madrid, Imprenta y Estereotipia de M. Rivadeneyra, 1858 (eds. facs., Valencia, Librerías París-Valencia, 1996

Madrid, Ollero y Ramos, 2000)

Noticias acerca de un manuscrito perteneciente al licenciado Antonio Roblés Cornejo, naturalista del siglo xvi, y conservado en el Jardín Botánico de Madrid, Madrid, 1859

Manual completo de Jardinería, Madrid, Calleja, 1859

Observaciones y reflexiones hechas sobre los movimientos de las hojas y flores de algunas plantas con motivo del eclipse de sol del 18 de Julio de 1860, Madrid, 1860

Discurso leído ante la Real Academia de Ciencias en la recepción pública de D. Miguel Colmeiro, Madrid, Imprenta de la Viuda e Hija de Fuentenebro, 1860

Tentativa sobre la Liquenología geográfica de Andalucía, por don Simón de Rojas Clemente

trabajo ordenado conforme a los manuscritos del autor, Madrid, 1863

Plantas que viven espontáneamente en el término de Titaguas, pueblo de Valencia, enumeradas en forma de índice alfabético, por don Simón Rojas Clemente, natural del mismo Titaguas, 1864

El Jardín Botánico de Madrid y el Gabinete de Historia Natural. (Su origen ó importancia), Madrid, 1867

Enumeración de las criptógamas de España y Portugal, Madrid, 1867-1868

El catálogo de las semillas del Jardín Botánico de Madrid como lazo de sus relaciones, Madrid, 1868

Importancia científica del Jardín Botánico de Madrid, Madrid, 1869

Examen histórico-crítico de los trabajos concernientes a la Flora hispano-lusitana, Madrid, Est. Tipográfico de T. Rey, 1870

Diccionario de los diversos nombres vulgares de muchas plantas usuales o notables del antiguo y nuevo mundo, con la correspondencia científica y la indicación abreviada de los usos e igualmente de la familia a que pertenece cada planta, Madrid, Gabriel Alambra, 1871

Discurso pronunciado en la Real Academia de Medicina para la recepción páblica de D. Miguel Colmeiro, Madrid, Imprenta de los Señores de Rojas, 1872

“Fumariáceas de España y Portugal”, en Anales de la Sociedad Española de Historia Natural (ASEHN), 1 (1872), págs. 35-47

“Un trabajo inédito de Don Francisco José de Caldas, hallado con otros varios en el Jardín Botánico de Madrid”, en ASEHN, 1 (1872), págs. 275-288

“Genisteas y Antilídeas de España y Portugal”, ASEHN, 1 (1872), págs. 289-378

“Rosáceas de España y Portugal”, en ASEHN, 2 (1873), págs, 257-399

“Plantas crasas de España y Portugal”, en ASEHN, 3 (1874), págs, 267-299

“Bosquejo histórico y estadístico del Jardín Botánico de Madrid”, en ASEHN, 4 (1875), págs. 241-345

Discurso leído ante el Congreso de Americanistas el día 26 de Septiembre de 1881 en la Cátedra del Jardín Botánico de Madrid para celebrar el centenario de su instalación en el Prado, Madrid, Fortanet, 1881

Discurso pronunciado en la inauguración de las sesiones de la Real Academia de Medicina en el año 1884-85, Madrid, 1885

Enumeración y revisión de las plantas de la Península hispano- lusitana e Islas Baleares, Madrid, Imprenta de la Viuda e Hija de Fuentenebro, 1885-1889

Resumen de los datos estadísticos concernientes a la vegetación espontánea de la Península hispano-lusitana e Islas Baleares, Madrid, Imprenta de la Viuda e Hija de Gómez Fuentenebro, 1890

Noticia de los trabajos botánicos del Abate Pourret en Francia y España, Madrid, 1891

Indicaciones sobre los nombres vulgares de las plantas, Madrid, 1891

Primeras noticias acerca de la vegetación americana, suministradas por el almirante Colón y los inmediatos continuadores de las investigaciones dirigidas al conocimiento de las plantas, con resumen de las expediciones botánicas de los españoles, Madrid, Sucesores de Rivadeneyra, 1892

Árboles y arbustos, particularmente los de origen americano, existentes al aire libre en el Jardín Botánico de Madrid, Madrid, Imprenta de la Viuda e Hija de Gómez Fuentenebro, 1892

Los jardines botánicos, su número, organización e importancia en las naciones más cultas e ilustradas, Madrid, Imprenta de la Viuda e Hija de Gómez Fuentenebro, 1894.

L. Lázaro e Ibiza, “Noticia necrológica de Don Miguel Colmeiro y Penido”, en Anales de la Sociedad Española de Historia Natural, 30 (1901), págs. 201-210

I. J. Inza, “Excmo. Sr. D. Miguel Colmeiro y Penido. Notas biográficas”, en Linneo en España, Zaragoza, Bibiano Escar, 1907, págs. 261- 263

J. Fernández Pérez, “La formación de la flora española en la segunda mitad del siglo xix y los botánicos Colmeiro, Willkomm y Pérez Lara”, en Actas II Congreso de la Sociedad Española de Historia de las Ciencias, II, págs. 83-104, Zaragoza, 1984

J. M. Camarasa, Botànica y botànics dels Països Catalans, Barcelona, Enciclopèdia Catalana, 1989

B. Valdés Castrillón, “La biología en la Universidad de Sevilla”, en Historia de los Estudios e Investigación en Ciencias en la Universidad de Sevilla, Sevilla, Universidad, 2005.

Santos Casado de Otaola