Hijo primogénito de Martín Alfonso de Córdoba, fundador del señorío de Montemayor, y de su esposa Aldonza López de Haro. Heredó de su padre un extenso patrimonio territorial en la campiña de Córdoba.

Colaborador desde un principio de Pedro I el Cruel, por lo menos hasta los comienzos de la guerra civil castellana, la conducta posterior del Monarca y su inquina personal hacia todos los miembros del linaje Fernández de Córdoba le hicieron inclinarse hacia 1367 al bando nobiliario que encabezaba el pretendiente Enrique de Trastámara. Don Alfonso logró también que la ciudad de Córdoba abandonase la obediencia al Rey legítimo y aceptase como Monarca al bastardo Enrique de Trastámara. El precio de la traición a Pedro el Cruel no se hizo esperar. Tras el triunfo de don Enrique sobre su hermano en Montiel, el nuevo Monarca concedió a Alfonso Fernández el oficio de adelantado mayor de la frontera, que ya venía ejerciendo desde 1367. También el obispo y el Cabildo catedralicio de Córdoba recompensaron a Alfonso Fernández de Montemayor por haber librado a la ciudad del asedio granadino, que en acción organizada en colaboración con Pedro el Cruel tuvo a la ciudad sitiada en mayo de 1368. En ese año, el deán y Cabildo de la iglesia de Córdoba le concedían la capilla de San Pedro y otra próxima en la catedral para que le sirviese de panteón funerario para su familia. [...]