Hijo de Fernán Sánchez de Tovar y de Marina de Castañeda. Hacia 1411 consigue licencia de su padre para emanciparse y contraer matrimonio con Constanza Enríquez, hija del almirante Alonso Enríquez y de su esposa Juana de Castañeda. El señor de Berlanga recibió en dote la cantidad de 10.000 florines.

Vinculado a los infantes de Aragón desde fechas muy tempranas, Juan de Tovar fue uno de los principales protagonistas del golpe de Estado de Tordesillas perpetrado en 1420 por el infante don Enrique. Tras hacer prisionero a Juan II, el infante ordenó a Juan de Tovar y a Gómez de Benavides que se hicieran cargo de la custodia y guarda del Monarca.

No obstante, el Rey pudo huir poco después de la fortaleza de Montalbán. La fuga real significaría el principio de la defección de los partidarios de Enrique de Aragón. Juan de Tovar fue uno de los nobles que comprendió bien pronto que el plan del infante estaba abocado al fracaso y decidió entonces pasarse, por consejo de su suegro el almirante, al bando de Álvaro de Luna, que podía ofrecerle mayores posibilidades. Tras ser desterrados los infantes en 1429, el señor de Berlanga participaría con su hueste en la campaña granadina que emprenderían el Rey y Álvaro de Luna, y que culminaría en 1431 en la batalla de la Higueruela. [...]