Primogénito de Leonor Pacheco de Córdoba y del primer conde de Alcaudete, Martín Alfonso de Córdoba y Velasco, continuó las hazañas del padre en África, así como heredó sus cargos y dignidades, tanto en esa área como en España. De este modo, desde su más tierna infancia se educó en el arte de la guerra con el ejemplo paterno en el continente africano, donde acompañaba a su progenitor. En 1535 se posesionaba de las plazas africanas que le habían sido concedidas a Martín Alfonso, ante la enfermedad de éste, para después encargarse de todo el gobierno de ellas durante las ausencias de su padre con motivo de sus viajes a España. Finalmente quedó al mando de todas las plazas africanas durante la empresa de Orán que comandaba su padre y donde éste perdió la vida.

De este modo, desde 1558 quedó como gobernador y capitán general de Orán y Mazalquivir, así como del reino de Tremecén, y como tal comenzó en 1563 la fortificación y defensa de la ciudad de Orán, atacada por el rey Hasan-Bajá de Argel, mientras que su hermano, tercero en la línea sucesoria, hacía lo propio con la plaza de Mazalquivir, defendiéndolas ambos, según explica Luis del Mármol Carvajal, con gran valor. [...]