Hijo de Marc Antoni Cotoner y Sanmartí y de María d’Olesa y Campfullós. Su hermano Marc Antoni fue canónigo de la catedral de Mallorca e inquisidor en Sicilia, Rafael fue miembro y le precedió como gran maestre de la Orden de Malta, Bernardo fue obispo de Mallorca y Francisco, caballero de la Orden de Santiago, fue el continuador de la casa Cotoner en Mallorca. Como sus demás hermanos recibió una esmerada educación. Ingresó en 1625 en la Orden de Malta, siendo muy joven. Posteriormente estuvo al mando de una de sus galeras. En 1639 fue designado comisario de soldados y en 1640 miembro de la Comisión de Sanidad de la Orden. Fue comendador de Espluga en Cataluña y en 1641 castellano de Malta. Al año siguiente fue nombrado bailío de Negroponte en Grecia y en 1660 sucedió a su hermano Rafael en este cargo en Mallorca. El 23 de octubre de 1663 fue de nuevo el sucesor de su hermano, pero en esta ocasión, como gran maestre de la Orden de Malta. Desempeñó el cargo durante más de dieciséis años. Apoyó a los venecianos durante la guerra de Creta contra los turcos (1664-1669). En Malta mejoró sensiblemente las fortificaciones de La Valetta, con la construcción de la fortaleza denominada la Cotonera, que él sufragó a partir de 1669, y con la reforma del fuerte de Ricasoli. [...]