Pertenecía a una familia de la nobleza titulada andaluza que disponía de una importante red de relaciones.

Fue bautizado en Málaga, el 7 de abril de 1699, siendo el cuarto hijo de la sevillana María de las Mercedes Chacón de Medina de Salazar, hija a su vez de Francisca Medina de Salazar y Gonzalo Chacón y Treviño, primer marqués de la Peñuela, que había contraído matrimonio en Sevilla el 29 de junio de 1690 con su pariente Fernando Chacón y Manrique de Lara, segundo conde de Mollina, que fue regidor perpetuo de Antequera. Mientras que su abuelo, el marqués de la Peñuela, había sido general de la flota del Atlántico, tíos suyos habían sido capitán general de Canarias uno de ellos y otro comandante de Nuevo México; y por la rama paterna, la familia de los condes de Mollina había apoyado el bando borbónico durante la Guerra de Sucesión. Todo ello contribuyó a que Fernando Chacón- Manrique de Lara y Chacón-Medina de Salazar, tras su etapa como colegial de Cuenca en la Universidad de Salamanca, ascendiera en 1728 a una plaza de oidor de la Audiencia de Mallorca. Sustituyó en ella a José Francisco de Cienfuegos. Batió un récord de permanencia en el tribunal. Fue el magistrado con mayor cantidad de años de servicio en la Audiencia de Mallorca durante el siglo xviii. Permaneció en ella treinta y ocho años, hasta su jubilación en 1761. Llegó a ser el decano de la misma. Como otros jueces que llegaban solteros a la isla, contrajo matrimonio el 29 de febrero de 1736 con la joven Magdalena Cotoner y Nunis de Santjohan, “mujer principal de aquella isla”, hija del botifleur Marc Antoni Cotoner y Sureda, primer marqués de Ariany y uno de los primeros regidores del Ayuntamiento de Palma. La Administración central consideraba poco recomendable esta vinculación familiar “de donde tal vez se originan parcialidades en aquel tribunal que pueden perjudicar la recta administración de la justicia”. Quizá por esta razón, Chacón no obtuvo jamás la regencia del tribunal que solicitó al menos dos veces, en 1753 y en 1760. Pero era norma observada en la Administración borbónica que el regente proviniese de otro tribunal. Con palabras de la época, “no es bueno que el regente haya sido compañero”. [...]