Hijo de Troilos Carrillo, conde de Agosta y de Juana de Peralta, hija y heredera de Pierres II de Pe­ralta. Troilos Carrillo era hijo natural del cardenal arzobispo de Toledo Alonso Carrillo de Acuña y su matrimonio se celebró el 22 de noviembre de 1467, como parte de la negociación que dio lugar al matri­monio de Isabel de Castilla y Fernando de Aragón, que fue acordado en ese mismo año por Pierres de Peralta y el arzobispo.

Alonso Carrillo heredó de su abuelo el poderoso conjunto de bienes, derechos y señoríos que la casa de Peralta venía aglutinando en la Navarra Media y Ribera desde tiempos de mosén Pierres de Peralta I, el Viejo, durante el reinado de Carlos III de Navarra. Esto incluía el señorío de Peralta, Andosilla y Mar­cilla, a lo que Pierres II, muerto en 1492, había aña­dido el título de conde de Santesteban de Lerín en el que Alonso sucedería como III conde y el rango de condestable del reino. Más importante aún, los Peralta eran uno de los linajes principales del bando agramontés en las guerras civiles navarras de los si­glos xv y xvi. La villa de Falces fue señorío de los Pe­ralta desde el 1 de noviembre de 1457. Confiscada con ocasión de las luchas banderizas, fue devuelta a Alonso Carrillo por Fernando el Católico en recom­pensa por su fidelidad tras la incorporación de Na­varra a la Corona, lo que dio lugar a la creación del marquesado de Falces como título del reino (24 de abril de 1513). [...]