Hijo único y heredero de Juan de Idiáquez, comendador mayor de León, secretario y consejero de los reyes Felipe II y Felipe III, y de Mencía Manrique Butrón y Múgica, vecinos de San Sebastián, y nieto por línea paterna del secretario real Alonso de Idiáquez y de Gracia de Olazábal, y por materna de Gómez González de Butrón y Múgica, señor de Aramayona, y de Luisa Manrique. Fue su único hijo Juan Alonso de Idiáquez y Robles, gobernador y capitán general de Guipúzcoa, quien, nacido en 1597, heredó gran parte de los títulos y cargos de su padre.

Desde muy joven mostró gran inclinación hacia el servicio militar y fue destacado tempranamente por sus coetáneos el valor que mostró repetidamente en los hechos de armas. Fue investido en noviembre de 1583 caballero de la Orden de Santiago por merced real con tan sólo dieciocho años, gozando ya del título de comendador de Vitoria. Participó ese mismo año, a pesar de su juventud y contando con la noble ascendencia que adornaba su persona, en la conquista de la isla Tercera (en las Azores) en primera línea, bajo el mando del marqués de Santa Cruz, Álvaro de Bazán. Éste fue uno de los últimos focos de resistencia en el reino de Portugal a la anexión de este territorio a la Corona hispana. Junto a su pariente Juan Martínez de Recalde, Bazán le encargó de la protección de los conventos ante posibles saqueos. [...]