Hijo de Juan Sainz de Oyanguren, nacido en la villa de La Guardia, provincia de Álava, originario y señor de la casa de Oyanguren en la universidad de Zumárraga (Guipúzcoa), proveedor de las galeras de España, y de Beatriz de Natera y Pina, natural de la ciudad de Gibraltar. Sus abuelos paternos fueron Juan de Oyanguren, natural de la universidad de Zumárraga, y Ana Miguel Jiménez, natural de La Guardia, y sus abuelos maternos fueron Fernando López Delgado, natural de Gibraltar, familiar del Santo Oficio de la Inquisición, y Francisca de Natera y Pina, natural de Gibraltar. Su hermano Baltasar de Oyanguren fue arcediano y canónigo de la iglesia de Ávila y fiscal de la Inquisición de Llerena, y su hermana María de Oyanguren casó con Diego de Escoto, vecino y mayoralgo de Gibraltar y familiar del Santo Oficio de la Inquisición. [...]