Nació en el barrio de Chilico, hoy de la Virgen Santísima, del pueblo de Xochimilco, actualmente parte de Ciudad de México. No se conocen datos familiares, pero sí que fue indígena y vivió sus primeros años aún bajo el imperio azteca en cuyos establecimientos recibió su primera formación.

A la edad de cuarenta y un años se trasladó o ingresó en el floreciente Real Colegio de la Santa Cruz de Tlatelolco, en donde estudió el español, el latín y otras materias afines bajo la atinada supervisión de los franciscanos. De uno de ellos recibió el bautismo en el templo anexo al colegio. Llegó a ser latinista destacado y profesor de esa lengua, la cual manejó en un estilo similar al del romano Plinio.

En el Real Colegio, su colega, el también indígena Martín de la Cruz, había redactado una obra botánico-médica sobre herbolaria indígena. Los franciscanos encargaron a Badiano la traducción al latín de ese importante documento. Fue él quien lo tituló Libellus de Medicinalibus Indorum Herbis y concluyó su trabajo el 22 de julio de 1552, día de Santa María Magdalena. La obra manuscrita fue entregada al virrey Antonio de Mendoza, quien la envió a España, pero, al parecer, nunca llegó a las manos del emperador Carlos V de Alemania y I de España. El manuscrito primitivo fue adquirido por el cardenal Francesco Barberini y olvidado en su biblioteca. Después se incorporó a la Biblioteca Vaticana, en donde se resguardó con la denominación de Códice Barberini o Codex Barberianus hasta 1929, cuando William Gates y Lynn Thorndike dieron noticia de él. El papa Juan Pablo II lo devolvió a México durante su visita a ese país en 1990. [...]