Residía en el Convento de San Pablo de Valladolid con fama de buen predicador, y viajó a México con siete compañeros en la barcada organizada por Vicente de Santa María en 1528 y en Indias permaneció cerca de diez años. Su primera misión fue Oajaca, ya misionada antes por Gonzalo Lucero y Bernardino de Tapia. Cuando Domingo de Betanzos fue enviado a Guatemala a principios de 1529 con Francisco de Mayorga y Pedro de Angulo encuentra en Oajaca a Bernardino de Minaya y a Vicente de las Casas, quienes les acompañan hasta Santiago de los Caballeros, Guatemala. De 1529 a 1532 evangelizó Minaya la región zapoteca, acompañando a Bartolomé de Las Casas a Centroamérica. En 1529 fueron martirizados los niños traxcaltecas, Juan y Antonio.

Llegado Francisco de San Miguel con Bartolomé de Las Casas a México en 1531, Bernardino de Minaya se pasó al bando de los frailes isleños, que buscaban una reforma en contra de algunas actitudes adoptadas por Vicente de Santa María. Minaya, siendo prior de Santo Domingo de México en 1533, bajo la obediencia de la provincia de Santa Cruz de Indias, acogió en el convento a los primeros misioneros agustinos de Nueva España, pero sobre todo lideró en Nueva España una campaña contra Betanzos para que no regresara a México a establecer la provincia de Santiago en línea reformada e independiente de la provincia de Santa Cruz, presentándole como el responsable de que la ley antiesclavista dada en 1530 fuese derogada por Cédula Real en el 20 de febrero de 1534, debido según él al parecer de Betanzos presentado al Consejo de Indias en 1533. [...]