Martín de Aguirre nació en Vergara (Guipúzcoa) en 1567. Cursó Artes y Teología en la Universidad de Alcalá de Henares, donde participó de su ambiente de renovación eclesial. Sintiendo la llamada del Señor ingresó en la orden franciscana, e inició el año de noviciado en el convento de los descalzos de Muñón, en la actual Provincia de Guadalajara.

Desde el primer momento de su vida religiosa dio ejemplo de obediencia y humildad. Mostró un gran espíritu evangélico, destacando por su virtud y ciencia en los estudios preparatorios para el sacerdocio.

Hecha la profesión religiosa, fue destinado al convento de San Buenaventura de Madrid. Manifestó deseos de querer ir a las misiones para predicar el Evangelio a los infieles. Pedía a los religiosos que tuviesen esta intención cuando celebrasen la Eucaristía y puso como intercesora a la Santísima Virgen María. Un día sintió en su interior una voz que le decía que sería misionero y sería uno de los fundadores de la Iglesia del Japón. [...]