Hijo del conquistador Juan de Garay y de Juana de Saavedra, hermana del que fuera por dos veces gobernador de Paraguay. Fue su bisabuela la legendaria Mencía de Calderón, la más bizarra y valerosa de las mujeres españolas venidas a América en el siglo XVI.

Contrajo nupcias en la ciudad de Córdoba del Tucumán, en 1649, con Antonia de Cabrera y Zúñiga, nieta del fundador de Córdoba del Tucumán, y de esta unión no dejó descendencia.

Llegó al Paraguay después de dirigir una expedición contra los indios caracará de la jurisdicción de Corrientes, lo que le brindó prestigio. El virrey del Perú, Salvatierra, ordenó al visitador Garabito que le concediera a Garay y Saavedra el gobierno de Paraguay, cargo que ocupó por espacio de más de tres años (1653-1656). No le resultó fácil la conducción del gobierno, ya que durante los años 1654 y 1655 la provincia padeció una de las más cruentas epidemias, circunstancias que aprovecharon los mbayás para romper hostilidades. Por su espíritu generoso y compasivo, este gobernador se granjeó la amistad y gratitud de todos, pues hizo lo que pudo para contener el flagelo y socorrer a las víctimas. [...]