Segundo hijo varón de Joaquín María Mosquera Figueroa, comerciante, minero y hacendado, y de María Manuela Arboleda y Arrechea. Tuvo seis hermanos.

Su familia fue una de las más ricas e influyentes de Popayán. Su hermano Joaquín llegó a ser presidente de Colombia en 1830 y su hermano Manuel José fue arzobispo de Bogotá. Estudió primeras letras en la escuela regentada por Joaquín Basto. Por problemas de indisciplina su educación fue asumida por un tutor particular en la hacienda de sus padres en Popayán. En 1810 la familia Mosquera Arboleda tuvo que huir a Bogotá al estallar el conflicto bélico entre las fuerzas republicanas y las tropas realistas del virrey Amar y Borbón. Tomás cursó estudios de Latinidad en el Real Colegio Seminario de Santafé, en donde su rector, José Félix Restrepo, le contagió su entusiasmo por la causa republicana. Esta convicción política le condujo a abandonar los estudios y seguir la carrera militar en el ejército republicano del general Antonio Nariño. En 1815 fue ascendido al grado de subteniente y en 1816 ya era teniente. En 1816 fue apresado por el ejército realista en la batalla de Cuchilla del Tambo. Recluido en la cárcel de Popayán, su familia pagó por él un rescate que evitó que se le fusilase. El 23 de mayo de 1817 el virrey Francisco de Montalvo apartó a él y a sus hermanos del servicio militar. Comenzó para Tomás Cipriano un exilio de dieciocho meses que le condujo sucesivamente a Santa Marta, Cartagena de Indias y, finalmente, a Kingston (Jamaica). [...]