Nacido en la capital de la Nueva España, Juan José de Eguiara y Eguren era hijo de Nicolás de Eguiara y Eguren, originario de Vergara (Guipúzcoa), y de María de Elorriaga y Eguren, natural de Anzuola (Guipúzcoa). Desde muy pequeño fue destinado a la carrera eclesiástica entrando como colegial en el Seminario de San Ildefonso. Con posterioridad pasó a cursar Filosofía en el Colegio Máximo de San Pedro y San Pablo de la Compañía de Jesús, donde obtuvo el título de clérigo de menores. Eguiara y Eguren entró a la Real y Pontificia Universidad a estudiar Artes, Filosofía y Teología, consiguiendo el título de bachiller en la primera de las mencionadas facultades el 28 de enero de 1709, y el grado de bachiller en Teología el 29 de abril de 1712.

Entre 1713 y 1722 ejerció la labor docente en la Real Universidad como sustituto de Retórica, Prima de Teología y Prima de Sagrada Escritura. Desde 1720 inicia Eguiara sus relaciones con el cabildo de la Catedral Metropolitana de México, donde desempeñó importantes puestos. En 1723 y 1724 consiguió sendas plazas en propiedad en la Real y Pontificia Universidad de México de las cátedras de Vísperas de Filosofía y Vísperas de Teología. Igualmente, en este período fue conciliario de la universidad y examinador sinodal del arzobispado. [...]