Nació en Tzacualtitlan Tenanco, segunda cabecera de la ciudad de Amecameca, en el actual Estado de México. Sus padres eran descendientes de antiguos gobernantes de ese señorío. Su tatarabuelo materno, Xiuhtzin Tlátquic Tlailotlacteuctli, fue el último de sus parientes que ejerció un cargo importante de gobierno, teuctlato o gobernador de Tzacualtitlan Tenanco, entre 1488 y 1520. En la etapa virreinal, señala Chimalpáhin en Las ocho Relaciones y el Memorial de Colhuacan, su tío materno, Cristóbal de Castañeda, muerto en 1631, fue dos veces gobernador de Amecameca, y a su hermano menor, Lucas Miguel de Castañeda, lo denominó “principal de Tenanco”.

Domingo Chimalpáhin se trasladó desde muy niño a la ciudad de México, donde recibió una educación muy esmerada entre los religiosos del convento de San Francisco de la capital novohispana. En 1593, con catorce años, entró a servir en la iglesia y casa de los franciscanos en San Antonio Abad, en el barrio de Xoloco Acatla. Aquí ocupó diferentes oficios y puestos, como sacristán de la iglesia, mayoral, terminando como administrador del convento. [...]