Se ha presumido que fuera oriundo de Valladolid, por haber llamado así a la primera ciudad por él fundada en América, y se ha creído que por sus venas corriera sangre vasca, ya que era deudo quizá lejano del fundador de la Compañía de Jesús, san Ignacio de Loyola, según él mismo declara. Fue “hijo legítimo del Dr. Bernardo Vélez de Loyola y de Guiomar Fernández de Salinas, su mujer, vecinos de la villa de Salinas de Añana”, de acuerdo con Alfonso Anda Aguirre.

Llegó a América en 1515 para participar, junto a Hernán Cortés, en la conquista de México. Intervino en la expedición al golfo de Hibueras y luego recorrió gran parte de lo que hoy es Honduras, Nicaragua y Panamá. Hacia 1531, cuando Pizarro ultimaba los preparativos para la conquista del Tahuantinsuyo, se integró a la expedición de Sebastián de Benalcázar y marchó a encontrarse con Pizarro en Puertoviejo, desde donde siguieron viaje hacia el sur. Una vez cobrado el “rescate” de piezas de oro y plata de Atahualpa, partió junto a Hernando Pizarro llevando al Rey de España el quinto de ese tesoro, que le correspondía. [...]