Hijo primogénito de Diego Fernández de Quiñones, primer conde de Luna, y de su mujer Juana Enríquez, nace probablemente en la casa-palacio de Palat de Rey de la ciudad de León hacia el año 1462, pues en octubre de 1461 se documenta a su madre como esposa de Diego Fernández; contrae matrimonio en primeras nupcias con Mencía de la Vega en julio del año 1479 de quien no tiene descendencia y, tras la anulación del mismo, desposa en 1488, en segundas con Isabel Osorio, hermana del marqués de Astorga, con quien tiene por hijos a Francisco, que sucede en la casa como III conde, María y Bernardina, hija póstuma.

El primer matrimonio de Bernardino significó un rotundo fracaso, pues nunca fue bien visto por su padre que en su testamento le imputa “desobediencia en su matrimonio con Mencía”, a pesar de que en un primer momento conceda a la pareja la villa de Barcial de la Loma con su fortaleza y la esposa aporte las villas y vasallos de Tordehumos, Castrillo de Villavega y Guardo que los padres de Mencía, Diego de Sandoval y Leonor de la Vega, les habían donado. El hecho de que Mencía hubiera estado casada en primeras nupcias con Pedro de Mendoza, la juventud de Bernardino —unos veinte años— y “lo poco que vivieron conformes” provoca que en 1485 el esposo solicite la nulidad del matrimonio ante el obispo de León alegando que eran parientes en el cuarto grado de consanguinidad. El provisor del obispado declara la nulidad, determinación que fue ratificada por los provisores generales de la diócesis de Palencia en la que se había celebrado la boda. [...]