Sus padres fueron Toribio Vigil de Quiñones y doña Catalina Menéndez de la Labiada, poderosa familia asturiana con casa solariega en Sariego.

El nueve de octubre de 1571 fue electo colegial del Colegio de San Pelayo en Salamanca,donde estudió Derecho, posteriormente ingresó en el Colegio Mayor de Santa Cruz de Valladolid en donde tomo la beca el día 6 de mayo de 1582. Fue estudiante brillante, y sus grandes conocimientos facilitaron el que fuera nombrado para ejercer la cátedra de Decretales, y posteriormente inquisidor. El cardenal Gaspar de Quiroga, inquisidor general, era protector del Colegio de Santa Cruz y de los tres inquisidores de Valladolid, en especial de Vigil al que en 1587 había encargado la investigación sobre la pureza de sangre de Doña Beatriz de Bobadilla, esposa del marqués de Moya. Como resultado de sus buenos oficios en la investigación encomendada, en el año 1589 Vigil fue nombrado miembro del Consejo de la Suprema Inquisición, cargo en el que cesó en 1607 al ser nombrado obispo de Valladolid. El especial patrocinio hacia Vigil queda reflejado en su nombramiento de testamentario del cardenal, junto al presidente del Consejo de Castilla Rodrigo Vázquez de Arce, ambos colegiales de Santa Cruz como su protector. También Vigil ejercía esa actividad de patronazgo, y mientras fue obispo de Valladolid nombró sucesivamente a dos colegiales de Santa Cruz para ejercer las funciones de Provisor del obispado: Romero y Mendo de Benavides. También sus funciones de patronazgo destacan en la protección ejercida sobre su sobrino Gabriel Vigil de Quiñones, colegial en San Pelayo de Salamanca, luego en el Colegio Mayor de Santa Cruz, tuvo cátedra de Decretales en diciembre de 1615 en la Universidad de Valladolid; en noviembre de 1616 fue nombrado provisor del obispado de Segovia que ostentaba Juan Vigil. [...]