Nacido en el seno de una hidalga familia castellana de cristianos viejos, tras adquirir el título de bachiller en Derecho en la Facultad de Leyes, ingresó en el colegio de San Bartolomé de Salamanca, en donde permaneció entre 1553 y 1559 y obtuvo el grado de licenciado. Al mismo tiempo, ordenado clérigo, ejerció labores de juez metropolitano del arzobispado de Santiago durante los tres últimos años de estancia en la institución docente salmantina. En 1559 fue nombrado inquisidor en el Tribunal de Zaragoza, aunque solamente permaneció en este cargo hasta que, al año siguiente, fue provisto a una plaza de oidor en la Chancillería de Valladolid. Se ocupó en estas labores hasta finales de 1566 y, al mismo tiempo, actuó como consultor del Santo Oficio del tribunal vallisoletano.

Su promoción a la Corte se produjo a finales de 1567, cuando fue nombrado miembro del Consejo de la General y Suprema Inquisición. Este organismo estaba dirigido por el cardenal Diego de Espinosa, a quien le unían fuertes vínculos. Ambos procedían de localidades vecinas y habían estudiado en Salamanca durante su juventud. Así, tras informarse a través de Alonso de Santillán, presidente de la Chancillería, sobre los oidores que tenían mejores cualidades, Espinosa decidió que Hernando de Vega engrosara el grupo de letrados que se consolidó en la Corte con el objetivo de llevar a cabo un proyecto de profundas reformas políticas y administrativas. [...]