Descendía de una importante familia con casa solariega, tierras y rentas de Villarreal de Urrechu (Guipúzcoa).

Era hijo de Bernardo de Ipeñarrieta, alcalde de dicha localidad, y de su primera esposa, María de Bustavía. Como primogénito heredó el mayorazgo, con el acrecentamiento que se derivó de la muerte de su hermano, Domingo, y del ingreso en el clero de su otro hermano, Martín. Respaldado por su fortuna familiar, tras emprender estudios universitarios de Derecho, Ipeñarrieta se desplazó a la Corte y entró en el servicio real, al sustituir a Juan de Portillo en la administración de los diezmos de la mar entre 1593 y 1594. Su gestión al frente de este sistema de recaudación directa debió de resultar satisfactoria, pues, al poco, el 24 de febrero de 1596, recibió título de secretario real. Al mismo tiempo, quedó encargado de uno de los dos oficios de la Secretaría del Consejo de Hacienda, que recibió una nueva instrucción el 23 de marzo. En ella se le encargaba guardar secreto, despachar con diligencia los expedientes y consultas, y registrar con orden y buen recaudo la documentación, y se le prohibía efectuar negocios financieros personales y mantener relaciones con los particulares. [...]