Hijo de Cristóbal Pérez de Herrera y Magdalena de Mallea, familia con raíces en Ermua y Eibar. Su padre, hijo natural de Pedro Yáñez de Ibarra e Isabel de Cerezo, había desempeñado en Sevilla, donde nació, diversos oficios relacionados con provisiones y mercancías. Posteriormente se asentó en Eibar, donde procuró olvidar sus anteriores ocupaciones, impropias de la hidalguía de la que hizo gala a pesar de su nacimiento, y desempeñó cargos municipales propios de la baja nobleza local. Como tantos hidalgos vascos con vocación de servicio en la Administración real, su hijo Juan se encaminó a la Corte y se incorporó como oficial en la Secretaría de Obras y Bosques, cuyo titular era Pedro del Hoyo. Cuando éste falleció, en 1568, fue nombrado en su lugar el secretario Martín de Gaztelu, y Felipe II decidió que Ibarra permaneciera bajo su mando en los asuntos de palacios, casas, jardines, cotos y demás bienes del patrimonio real de esta índole. Las relaciones entre el secretario y el oficial no fueron amistosas, quizás porque Ibarra también trabajaba en el escritorio de Antonio Pérez. Cuando, en 1579, el famoso secretario aragonés cayó en desgracia y fue apresado, igualmente Ibarra fue enviado durante un mes a la cárcel. La situación fue transitoria y pronto fue rehabilitado. Además, Ibarra supo ganarse el favor de la facción encabezada por Mateo Vázquez, por entonces en la cumbre de su influjo cortesano. [...]