Fue el quinto de los nueve hijos reconocidos por el cardenal Rodrigo Borja y el segundo de los que el futuro papa Alejandro VI engendró con Vannozza Catanei, tras el famosísimo César y anterior a la no menos conocida Lucrecia y a Jofré, el menor de los cuatro. El pregón por las calles romanas anunciando la muerte de Vannozza Catanei (26 de noviembre de 1518) la presentaba como “madre del duque de Gandía”, aunque ya hacía más de veinte años que éste había fallecido.

Juan de Borja nació en Roma hacia el año 1478 y, en todo caso, todavía era menor de edad en septiembre de 1488 cuando heredó el ducado de Gandía tras la muerte de su hermano Pedro Luis. Sólo tres meses después, el 13 de diciembre de ese año, y siempre bajo la tutela de su padre, se firmaron en Valladolid las capitulaciones matrimoniales con María Enríquez (prima hermana de Fernando II de Aragón) que ya estuvo prometida a Pedro Luis de Borja, si bien el matrimonio no llegó a consumarse por la prematura muerte de éste. Con el expreso beneplácito del monarca aragonés, la boda se celebró a finales de agosto de 1493 en Barcelona, donde a la sazón se hallaba la Corte por las negociaciones de paz con Carlos VIII de Francia, y el siguiente 23 de noviembre los recién casados se establecían en su palacio gandiense. [...]