El primogénito de san Francisco de Borja y Leonor de Castro nació en Madrid, le pusieron el nombre del Emperador y sus padrinos de bautismo fueron el príncipe Felipe (con apenas tres años de edad a la sazón) y la emperatriz Isabel de Portugal.

El 11 de mayo de 1551 se convirtió en el V duque borgiano de Gandía, tras la renuncia formal de su padre, jesuita, en Oñate. Tres años antes (21 de noviembre de 1548) se habían firmado las capitulaciones matrimoniales para su boda con Magdalena Centelles y Folc de Cardona, hija y heredera de Ramón de Riusec (más conocido como Francisco Gilabert de Centelles) y de María F. de Cardona, condes de Oliva. La dote estipulada ascendía a dieciocho millones de maravedíes y, lo que es mucho más importantes, en el punto octavo de ese mismo documento se especificaba que si el hermano mayor de la contrayente, Pedro Centelles, fallecía sin descendencia legítima (como así ocurrió en 1569) “[...] en tal caso suceda en la casa y estado de Oliva y en todos los otros estados, vilas y baronías y lugares que hoy tiene el dicho señor Conde, así en el presente reyno de Valencia como en el Reyno de Cerdeña, la dicha señora doña Magdalena, su hija, si en el tiempo de dicha sucesión viva fuese [...]”. [...]