Pasó a Indias en 1537. De vuelta a España fue nombrado regente de la Orden de Santo Domingo. Al retornar nuevamente a la Península, se unió a fray Reginaldo de Pedraza que buscaba religiosos, y acompañó a los conquistadores de Perú e inició la evangelización. Fue albacea de Francisco Pizarro y consejero de Vaca de Castro y Pedro de la Gasca. Después de un largo trayecto llegó hasta la ciudad incaica del Cuzco. Desde aquí siguió sin descanso a Chuchito y después a Charcas. Este período de su labor evangelizadora debe considerarse uno de los primeros esfuerzos dominicos, por promover de manera pacífica la fe de Cristo entre los naturales. Ya en Lima, fue nombrado sucesor de fray Juan de Olías (1539), como superior de la Orden Dominica del Perú. Pizarro les donó unas tierras en Limatambo y Palpa. El 1 de mayo de 1543 el Emperador envió a cada uno de los superiores religiosos de Indias —entre ellos el provincial de Perú fray Tomás de San Martín— una carta con varios ejemplares de las Leyes Nuevas para que se repartan entre los conventos, y traduzcan a las lenguas de los indígenas. Se enviaron a los religiosos antes que a las autoridades civiles, seguro que aconsejado por Las Casas debido a las discusiones que causó la perpetuidad de la encomienda. [...]