Hijo del licenciado Juan Pérez de la Fuente (oidor de la Chancillería de Valladolid y del Consejo Real de Castilla) y de Isabel Belón, una vez que obtuvo el grado de bachiller en Cánones continuó con la tradición familiar e ingresó como colegial de San Bartolomé de Salamanca el 22 de agosto de 1537. Ordenado clérigo, permaneció en este centro de formación de elites administrativas y eclesiásticas hasta 1542, adquiriendo primero la licenciatura y después el grado de doctor en Derecho Canónico, y ejerciendo en la Universidad el cargo de catedrático de Decretales. Canónigo de la Catedral de Zamora y arcediano de la Fuente del Saúco, al dejar la docencia comenzó su servicio en la Administración real de justicia el 20 de noviembre de 1542, al ser nombrado oidor de la Chancillería de Valladolid. Desempeñó este cargo hasta que, en 1545, fue elevado al Consejo de Indias en sustitución de Juan Bernal Díaz de Luco. Según parece, este nombramiento respondía a la creciente influencia de Fernando de Valdés, bajo cuyo patronazgo comenzó a despuntar su carrera cortesana. Así, durante los años siguientes Valdés procuró que Pérez de la Fuente no sólo desempeñara sus cometidos como consejero de Indias, sino que también asistiera a importantes juntas donde se trataron temas tan diversos como la situación de la minoría morisca o los conflictos jurisdiccionales entre los Consejos de Castilla e Inquisición. [...]