Hijo de Juan de la Mota y Zúñiga, natural de la villa de Quel, próxima a Calahorra, aunque originario de Burgos, señor de la villa de Guel y Ordoco, y de Leonor Sarmiento, natural de Salvatierra en Galicia.

Sus abuelos paternos fueron Pedro Díaz de la Mota, natural de Burgos, e Isabel de Zúñiga, natural de la villa de Guel y señora Della. Sus abuelos maternos fueron García Sarmiento, natural y señor de la villa de Salvatierra, mayordomo de la Emperatriz, y Leonor Sarmiento de Mendoza, natural de Burgos.

Se le hizo merced de un hábito de la Orden de Santiago (26 de julio de 1623) y, doce años después, hallándose con el grado de capitán, fue nombrado gobernador y capitán general de Puerto Rico (23 de febrero de 1635), concediéndosele meses más tarde la licencia para embarcar rumbo a su destino en compañía de dos criados (8 de mayo de 1635) y antes de acabado aquel año tomó posesión de sus empleos, ocupándose de inmediato en la continuación de las obras de las murallas del puerto de San Juan, en cuyo tiempo comenzó a levantarse en baluarte de San Lucas inmediato al de Santiago, y solicitó insistentemente el envío de mayores fuerzas para su defensa al igual que de piezas de artillería. Puso también sus empeños en socorrer y atender el nuevo presidio de San Martín y procuró, sin mucho éxito, mejorar el beneficio de las minas de su gobernación. [...]